在世界上绝大多数文化中，近亲繁殖——两个亲密家庭成员生育孩子——是一种基本的禁忌。事实上，许多主要宗教都不鼓励这种做法，因为希伯来圣经在《利未记》和《申命记》中都禁止某些家庭成员之间的性接触，比如兄弟姐妹。但事实是，在历史上，乱伦和近亲繁殖在世界各地都有发生，而且对今天的大多数社会来说，这种做法是非常有问题的。
从古埃及的法老到欧洲的贵族，强大的家族，尤其是君主制，都通过近亲繁殖来维持家族的权力和财富。在古雅典和斯巴达，同父异母的兄弟姐妹之间的婚姻是被允许的，而在许多时期，表亲之间的婚姻是很常见的。最近的一项基因研究发现，1938年至1967年间出生的欧洲人中，每3600人中就有一人是一级或二级近亲交配的结果(根据《发现》杂志)。
然而，虽然这样的结合可能有助于维护某一血统的主权，但历史已经表明，近亲繁殖作为一种做法，尤其是在同一个小社区内几代人都这样做的时候，会对身体造成可怕的影响。以下是近亲繁殖对后代如此危险的根本原因，以及一些潜在的后果。
近亲繁殖如此危险的主要原因是它会导致基因多样性的缺乏。和所有动物一样，当人类繁殖时，他们从父母那里继承了不同的基因。在近亲繁殖的情况下，父母已经携带了许多相同的基因，这就增加了纯合性的风险，即遗传两组具有相同特征的基因。这意味着隐性基因，比如那些遗传学家认为让人拥有蓝眼睛的基因，更有可能在后代中表达出来。然而，许多损害生活质量的疾病和医疗条件也是如此，这些疾病和医疗条件通常也是隐性的。
根据美国国家医学图书馆的说法，近亲繁殖通常会导致“近亲繁殖抑郁症”，这意味着后代的“健康”程度降低。这种抑郁会影响存活率，也会影响生育能力，这种后果在很多动物物种中都有观察到。
另一种罕见的情况在近亲繁殖的情况下变得更加常见，那就是遗传性糖尿病，它是由一种叫做Wolcott-Rallison综合征的遗传疾病引起的，这种疾病本身就是基因突变的结果。该综合征从出生起就影响人，导致在生命最初几个月内出现永久性新生儿糖尿病，需要立即进行医疗治疗和胰岛素管理。
沃尔科特-雷利森综合症还有其他一些令人担忧的症状，包括骨骼变形，这种变形只有在婴儿长大后才会变得明显。它还会导致身体器官的衰竭，如肝脏、肾脏和患者的骨髓。根据《孤儿罕见病杂志》发表的一项研究，这种综合症通常是致命的，有几个被确诊患有这种疾病的婴儿在诊断后几个月内死亡。在幸存者中，这种综合症会抑制认知功能，使骨骼变脆，更容易骨折。
Wolcott-Rallison综合症并不是影响近亲繁殖后代的唯一潜在后果。1977年在法国发表的一项研究发现，囊性纤维化患者的父母更有可能是血亲，比如表兄妹。该国有0.2%的人口是近亲性交的结果，而囊性纤维化患者的这一比例为1.4%。
根据美国国家医学图书馆(National Library of Medicine)的数据，脊髓性肌萎缩症(4.5%)、白化病(5%)、肾病(5.6%)、胱氨酸病(7.1%)和色盲(12.5%)的发病率更高。另一项研究表明，近亲繁殖在精神分裂症患者的父母中发生率更高，加剧了这种疾病的遗传性。近亲繁殖还与其他几种衰弱疾病和残疾有关，包括视力下降到失明的程度，以及耳聋，这是在印度达德卡伊村30年来发现的有限基因库的结果。
几个世纪以来，有几个现实生活中的例子表明，为了维护主权、权力和声望而进行的选择性近亲繁殖最终会困扰那些实行这种做法的王室。可以说，古埃及最著名的法老是图坦卡蒙，他的坟墓于1922年首次被挖掘出来。多年来，埃及古物学家和科学家们一直在研究法老的木乃伊遗骸，试图揭开他的死因。
图坦卡蒙去世时年仅17岁，他后脑勺的明显受伤导致了关于他死因的几种理论的出现，比如他从战车上摔下来，或者他被篡位者谋杀了。但鲜为人知的是图坦卡蒙生前的体弱多病，这是他的祖先几代人近亲交配的结果。专家们发现法老有一只畸形的脚和一个畸形的头骨，这是骨骼疾病的结果。“他不是一个非常强壮的法老。遗传学家卡斯滕·普什告诉《国家地理》杂志，并补充说，“近亲繁殖对生物或基因健康都不是优势。”正常情况下，健康和免疫系统会下降，畸形会增加。”
同样，随着1700年西班牙国王卡洛斯二世(如图)去世而结束的欧洲哈布斯堡王朝，由于近亲繁殖，几代人的面部畸形越来越严重，后来被称为“哈布斯堡下颌”，精神残疾也越来越严重。
近亲繁殖的后代除了可能导致许多潜在的危及生命的健康状况的出现外，还可能面临奇怪和意想不到的异常，这些异常会影响他们的日常生活，并改变他们周围世界对他们的看法。其中一个例子是肯塔基州的富盖特家族，被称为“蓝色富盖特”。19世纪初，富盖茨一家在肯塔基州的哈扎德定居下来。这个社区很小，几乎没有基础设施来容纳一个广泛的基因库。大约在1920年，一对夫妇结婚，他们都携带高铁血红蛋白血症的隐性基因，这种疾病会导致皮肤发蓝。这对夫妇的七个孩子中有四个肤色是蓝色的，这是一个罕见的怪癖，由于近亲繁殖，在社区的孩子后代中继续存在。
在津巴布韦，居住在赞比西河南部山谷的瓦多马部落被称为“鸵鸟族”，因为他们通常天生就有像鸟一样的脚。研究发现，这是一种由部落内近亲繁殖引起的基因突变:那些表达这种突变的人出生时没有中间的三个脚趾，而不是鸟脚。
